一、检察机关如何处理不认罪案件

检察机关处理不认罪案件的方法是：

检察院应当通过调查取证来寻找证据，并在证据充分时进行起诉处理，在检察院做笔录的时候不认罪但是证据只要充分依然可以起诉，当事人不认罪再加上司法部门提交的这些证据确实不够充分，那检察机关就不能够作出定罪甚至是起诉的决定，在不认罪的情况下还是需要在证据链条上去进行侦查和补充的。不认罪如不认罪检察院证据不足是不能起诉的。

二、检察机关批准逮捕不认罪行为人的期限

萤火法务网提醒您，人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。

《刑事诉讼法》第九十一条

公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。

对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。

人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。

三、检察机关侦查不认罪案件的期限

我国对于刑事案件的侦查期限一般规定为二个月，需要延长的，则可以适当延长。根据我国《刑法》规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。